TriTonus verfügt über 40 Konzert-Blockflöten verschiedener Größen und Hölzer (Ahorn, Birnbaum, Palisander etc.). Das kleinste Instrument ist dabei das Garklein- Flötlein (kleinste spielbare Blockflöte), das größte - der Subbass - verzeichnet eine Höhe von ca. zwei Meter.
Fast alle der Instrumente sind handgefertigt, u.a. von den renommierten Blockflötenbauern Andreas Schwob (Schweiz), Monika Musch (Deutschland), Peter van der Poel (Niederlande) und Adrian Brown (Niederlande).
Seit November 2016 verfügt das Ensemble über ein eigenes Blockflöten-Consort von Adrian Brown. Die Blockflöten sind Nachbauten von originalen Blockflöten des Instrumentenbauers Bassano.